Como red de activistas, ILGA continúa siendo una organización democrática. Para facilitar la toma de decisiones y asegurar que la organización represente lo mejor posible a sus miembros, durante la Conferencias de ILGA se organiza la Elección para el Comité Ejecutivo.

Este Comité está formado por dos Secretarios Generales (una mujer y un hombre) y dos representantes para cada una de las regiones. Estos representantes regionales pueden ser elegidos también en la Conferencia Regional, si la misma tuviera lugar. Estas Conferencias Regionales son también el lugar para elegir a los miembros de los Comités Ejecutivos Regionales.

Los Secretarios Generales y el resto de miembros del Comité Ejecutivo son los encargados de establecer y ejecutar las políticas de ILGA entre dos Conferencias Mundiales.

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El actual Comité Ejecutivo de ILGA fue elegido durante la anterior Conferencia Mundial de Manila en el año 2003 salvo los representantes asiáticos, que fueron elegidos en la última Conferencia Asiática celebrada en Cebu (Filipinas) en Octubre de 2005.

Rosanna Flamer-Caldera y Kursad Kahramanoglu son los actuales Co-Secretarios Generales de ILGA.

El “Women’s Media Circle” (Filipinas) fue elegido para el Secretariado de la Mujer.

ILGA está actualmente dividida en 6 regiones.

Las asociaciones miembro eligen a dos representantes (una mujer y un hombre) para cada región:

África: en la actualidad estos puestos están vacantes
Asia: Mira Ofreneo and Aung Myo Min. La última Conferencia Regional celebrada en Cebu, decidió que el Comité regional incluya un activista transexual. Los Estatutos de ILGA solo prevén que un hombre y una mujer de cada región sean miembros del Comité Ejecutivo y serán los miembros del Comité Ejecutivo regional asiatico quienes decidirán cuáles de los tres miembros electos asiste y vota en cada evento de ILGA.
Australia, Nueva Zelanda y las islas del Pacífico : Uma Kali Shakti y Carlos Perera
Europe : Jackie Lewis & Janfrans van der Eerden - Ruth Baldacchino & Yves de Matteis, (miembros de reserva europeos)
Latinoamérica y Caribe (ILTGALAC): Patria Jiménez y Beto de Jesús. La última Conferencia Regional de ILTGALAC celebrada en Santiago de Chile, decidió modificar los Estatutos para que el Comité regional incluya un activista transexual. Para este puesto fue elegida Belissa Andía Pérez. Los Estatutos de ILGA solo prevén que un hombre y una mujer de cada región sean miembros del Comité Ejecutivo y serán los miembros del Comité Ejecutivo regional de ILTAGLAC quienes decidirán cuáles de los tres miembros electos asiste y vota en cada evento de ILGA.
Norteamérica: Trinity A. Ordona y Yvan Lapointe

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